Test sobre Secuenciación del Genoma y Genómica

Pregunta 1: La secuenciación automatizada de alto rendimiento mediante el método de Sanger, usando 100 secuenciadores de 384 capilares, permitía completar la secuencia de un genoma humano en aproximadamente dos semanas.

A. Sí

B. No

Explicación: Según los materiales de estudio, 100 secuenciadores de 384 capilares permitían secuenciar un genoma humano en aproximadamente 2 meses, no dos semanas.

Pregunta 2: ¿Cuál de las siguientes afirmaciones describe con precisión la validación del método aleatorio de secuenciación utilizando el genoma de *Haemophilus influenzae*?

A. El genoma de *Haemophilus influenzae* tiene un tamaño de 1830 Kb y fue el primer genoma de un ser vivo secuenciado, logrando una cobertura de 6.4X mediante el método aleatorio.

B. La secuenciación de *Haemophilus influenzae* utilizó el método jerárquico para ordenar fragmentos grandes antes de ensamblar las secuencias pequeñas.

C. El proceso de secuenciación de *Haemophilus influenzae* resultó en 141 contiguos y 42 huecos físicos, lo que indica un ensamblaje completo sin problemas.

D. Para la secuenciación de *Haemophilus influenzae*, se preparó una genoteca con 24.304 clones y se obtuvo una cobertura de 11.631.485 pb.

Explicación: El estudio indica que 'El método aleatorio se validó en la secuenciación del genoma de la bacteria Haemophilus influenzae' en 1995, siendo el 'Primer genoma de ser vivo'. Se extrajo DNA de 1830 Kb y la cobertura calculada fue de 6.4X (24.304 lecturas x 480 pb de longitud media / 1.830.000 pb del genoma). La opción A resume estos puntos correctamente. La opción B es incorrecta porque *Haemophilus influenzae* se usó para validar el método aleatorio, no el jerárquico. La opción C es incorrecta porque si bien se obtuvieron 141 contiguos y 42 huecos físicos (y 99 huecos de secuencia), la presencia de huecos significa que el ensamblaje no fue completo. La opción D confunde la cantidad de clones con las secuencias válidas y el número de pares de bases de cobertura, ya que se prepararon 19.687 clones y se obtuvieron 24.304 secuencias válidas, las cuales representaron 11.631.485 pb, dando una cobertura de 6.4X, no que la cobertura fuera 11.631.485 pb.

Pregunta 3: En la secuenciación Illumina con terminadores reversibles, los dNTPs utilizados están modificados para que la terminación sea reversible.

A. Sí

B. No

Explicación: Según el material de estudio, en la secuenciación Illumina con terminadores reversibles, los dNTPs están modificados para que la terminación sea reversible.

Pregunta 4: La tecnología de secuenciación Illumina HiSeq 2500 (High Output) tiene una tasa de error de un solo paso superior a la de SOLiD 5500x1.

A. Sí

B. No

Explicación: Según la tabla comparativa, Illumina HiSeq 2500 (High Output) tiene una tasa de error de un solo paso del 0.1%, mientras que SOLiD 5500x1 tiene una tasa del 5%. Por lo tanto, Illumina HiSeq 2500 (High Output) tiene una tasa de error inferior, no superior.

Pregunta 5: ¿Cuál de los siguientes pasos forma parte de la preparación de la muestra para la secuenciación Illumina antes de la generación de clusters?

A. Fragmentación aleatoria del DNA.

B. Ligación de adaptadores al DNA.

C. Hibridación del DNA con oligos fijados en una superficie sólida.

D. Detección de la incorporación de nucleótidos por bioluminiscencia.

Explicación: Según los materiales de estudio sobre Illumina, los pasos iniciales de preparación de la muestra incluyen la fragmentación aleatoria del DNA (~350 pb) y la ligación de adaptadores. La hibridación con oligos y la amplificación en puente conducen a la generación de clusters, mientras que la detección por bioluminiscencia es característica de la pirosecuenciación (Roche 454) y no de Illumina.