Test z Sekwencjonowanie DNA: Metody i zastosowania kliniczne
Sekwencjonowanie DNA: Metody, zasady i zastosowania kliniczne
Test: Sekwencjonowanie DNA, Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), Sekwencjonowanie i interpretacja NGS
20 pytań
Pytanie 1: Podstawowa zasada wszystkich metod sekwencjonowania opiera się na komplementarności zasad i enzymatycznej syntezie DNA.
A. Ano
B. Ne
Wyjaśnienie: W początkowej części tekstu podano, że podstawowa zasada wszystkich metod sekwencjonowania jest taka sama: opiera się na komplementarności zasad i enzymatycznej syntezie DNA.
Pytanie 2: Które z poniższych stwierdzeń poprawnie opisują ograniczenia sekwencjonowania Sangera zgodnie z dostarczonym tekstem?
A. Jego główną zaletą jest zdolność do analizowania rozległych delecji i duplikacji bez potrzeby stosowania dodatkowych metod.
B. Charakteryzuje się czasochłonnością przy większej liczbie genów i wyższą ceną za jedną zasadę przy rozległej analizie.
C. Posiada wysoką precyzję analityczną i łatwą interpretację chromatogramu, co stanowi jego główne wady.
D. Jego ograniczeniem jest niska przepustowość, która nie pozwala na wykrycie mozaicyzmu z niskim udziałem wariantu.
Wyjaśnienie: Zgodnie z tekstem, sekwencjonowanie Sangera jest ograniczone czasochłonnością przy większej liczbie genów i wyższą ceną za jedną zasadę przy rozległej analizie. Ponadto tekst podaje, że ma ono ograniczoną zdolność do wykrywania mozaicyzmu z niskim udziałem wariantu i nie jest przeznaczone przede wszystkim do wykrywania rozległych delecji, duplikacji ani zmian strukturalnych, chyba że zastosowane zostaną dodatkowe procedury. Wysoka precyzja analityczna i łatwa interpretacja to jego zalety, a nie wady.
Pytanie 3: Sekwencjonowanie genomowe jest najmniej wymagające pod względem kosztów, przechowywania danych i interpretacji spośród wszystkich typów badań NGS.
A. Ano
B. Ne
Wyjaśnienie: Sekwencjonowanie genomowe analizuje cały genom i, zgodnie z tekstem, jest bardziej wymagające pod względem kosztów, przechowywania danych i interpretacji, a nie najmniej wymagające.
Pytanie 4: W diagnostyce prenatalnej NGS wykorzystuje się głównie do weryfikacji wariantu już wykrytego za pomocą standardowego badania cytogenetycznego, a nie do wykrywania przyczyny poważnej wady rozwojowej, jeśli te standardowe badania jej nie ujawnią.
A. Ano
B. Ne
Wyjaśnienie: Materiały StudyFi wskazują, że NGS ma znaczenie w diagnostyce prenatalnej, gdy u płodu stwierdzono poważną wadę rozwojową, a standardowe badanie cytogenetyczne nie ujawnia przyczyny. Jest to sprzeczne ze stwierdzeniem, że NGS jest używane głównie do weryfikacji wariantu już wykrytego za pomocą standardowego badania.
Pytanie 5: Które z poniższych stwierdzeń poprawnie opisuje jeden z etapów sekwencjonowania na platformie Illumina?
A. Genomowy DNA jest fragmentowany, a do jego końców dołączane są adaptery umożliwiające przyłączenie do komórki przepływowej.
B. Fragmenty DNA są klonalnie namnażane metodą amplifikacji mostkowej (bridge amplification), tworząc lokalne skupiska identycznych kopii zwane klastrami.
C. Do komórki przepływowej (flow cell) stopniowo dodawane są fluorescencyjnie znakowane, odwracalnie terminujące nukleotydy, przy czym po każdym cyklu kamera rejestruje sygnał każdego klastra.
D. Głównym etapem jest elektroforeza kapilarna, która rozdziela fragmenty według ich długości i fluorescencji.
Wyjaśnienie: Pierwszym etapem jest przygotowanie biblioteki, podczas którego DNA jest fragmentowane i dołączane są adaptery. Drugim etapem jest przyłączenie fragmentów do komórki przepływowej (flow cell) i klonalne namnożenie metodą amplifikacji mostkowej (bridge amplification) w klastry. Trzecim etapem jest samo sekwencjonowanie przez syntezę, podczas którego stopniowo dodawane są fluorescencyjnie znakowane, odwracalnie terminujące nukleotydy i rejestrowany jest sygnał. Elektroforeza kapilarna jest zasadą sekwencjonowania Sangera, a nie platformy Illumina.