Flashcards on Proteomics: Methods and Applications
Proteomics: Methods and Applications Explained for Students
Tap to flip · Swipe to navigate
Analýza starověkých proteinů
14 cards
Card 1
Question: Jakou molekulu v zubech využíváme pro určení pohlaví v analýze starověkých proteinů a proč je vhodná?
Answer: Amelogenin (AMELX/AMELY) z amelinu; AMELX a AMELY se liší v sekvenci, přítomnost AMELY indikuje samce, AMELX sama může být žena nebo samec s nízkou de
Card 2
Question: Jaký je základní pracovní postup pro extrakci proteinů z mechanicky mletého skloviny (enamel) před LC‑MS/MS?
Answer: Mechanické mletí skloviny → SDT buffer extrakce (nebo jiné uvedené extrakční pufry) → tryptická digestace → LC‑MS/MS (včetně PRM pro specifické peptid
Card 3
Question: Jaké dvě varianty peptidů amelogeninu se v prezentaci uvádějí jako marker pro AMELX a AMELY a jak se liší m/z pro 2+ nabití?
Answer: AMELX – peptid TALVLTPLK, m/z 478.313 (2+); AMELY – peptid IALVLTPLK, m/z 484.331 (2+).
Card 4
Question: Jaké jsou omezení destruktivní analýzy amelogeninu uvedené v textu?
Answer: Metoda je destruktivní (vyžaduje odstranění materiálu); intenzita signálu AMELY může být ~10× nižší než AMELX, což může vést k poddetekci AMELY.
Card 5
Question: Jaké procedury se používají při analýze kolagenu (ZooMS) z kostních/zkamenělých vzorků podle obsahu?
Answer: Mechanické mletí → demineralizace HCl (0,6 M, 4 h) → tryptická digestace supernatantu → MALDI‑MS analýza; pellet gelatinizace (65 °C, 3 h) a další zpr
Card 6
Question: Pro jaký účel slouží metoda ZooMS v kontextu analýzy starověkých proteinů?
Answer: Identifikace druhu nebo rodu na základě genus‑specifických peptidů kolagenu určených hmotnostní spektrometrií.
Card 7
Question: Jaké extracční postupy jsou v textu uvedeny pro analýzu zubního kamene (dental calculus)?
Answer: Mechanické mletí → SDT buffer extrakce nebo 0.5 M EDTA (pH 8.0) pro supernatant (proteiny) + pellet pro DNA; alternativní protokol (Brno) umožňuje par
Card 8
Question: Jaké post‑translační modifikace a poškození jsou typicky zvýšené u starověkých vzorků zubního kamene ve srovnání s moderními?
Answer: Elevované úrovně deamidace asparaginu, oxidace methioninu, deamidace glutaminu a konverze N‑terminálního glutaminu na pyro‑glutamovou kyselinu.
Card 9
Question: Co znamená zkráceně FASP a kde se v postupech používá?
Answer: FASP = Filter Aided Sample Preparation; používá se při zpracování proteinů (např. zubní kámen) pro tryptickou digestaci a čištění peptidů před LC‑MS/M
Card 10
Question: Jaký je účel použití 8 M močoviny (UA), DTT a IAA v protokolu FASP pro starověké proteiny?
Answer: 8 M UA denaturuje proteiny, DTT redukuje disulfidické vazby a IAA alkyluje volné thioly (zabránění znovutvorbě mostíků) před trypsinací.