Test na Sekvenování DNA: Metody a klinické aplikace

Otázka 1: Základní princip všech sekvenačních metod vychází z komplementarity bází a enzymatické syntézy DNA.

A. Ano

B. Ne

Vysvětlení: V úvodní části textu je uvedeno, že základní princip všech sekvenačních metod je stejný: vychází se z komplementarity bází a z enzymatické syntézy DNA.

Otázka 2: Které z následujících tvrzení správně popisují limity Sangerova sekvenování dle poskytnutého textu?

A. Jeho hlavní výhodou je schopnost analyzovat rozsáhlé delece a duplikace bez potřeby doplňkových metod.

B. Vyznačuje se časovou náročností při větším počtu genů a vyšší cenou na jednu bázi při rozsáhlé analýze.

C. Má vysokou analytickou přesnost a snadnou interpretaci chromatogramu, což jsou jeho hlavní nevýhody.

D. Jeho omezením je nízká propustnost, která neumožňuje detekovat mozaicismus s nízkým zastoupením varianty.

Vysvětlení: Dle textu je Sangerovo sekvenování limitováno časovou náročností při větším počtu genů a vyšší cenou na jednu bázi při rozsáhlé analýze. Dále text uvádí, že má omezenou schopnost zachytit mozaicismus s nízkým zastoupením varianty a není primárně určeno k detekci rozsáhlých delecí, duplikací nebo strukturálních přestaveb, pokud nejsou použity doplňkové postupy. Vysoká analytická přesnost a snadná interpretace jsou jeho výhody, nikoli nevýhody.

Otázka 3: Genomové sekvenování je nejméně náročné na cenu, datové úložiště a interpretaci ze všech typů NGS vyšetření.

A. Ano

B. Ne

Vysvětlení: Genomové sekvenování analyzuje celý genom a podle textu je náročnější na cenu, datové úložiště i interpretaci, nikoli nejméně náročné.

Otázka 4: V prenatální diagnostice se NGS využívá primárně k ověření varianty již zjištěné běžným cytogenetickým vyšetřením, nikoli k odhalení příčiny závažné vývojové vady, pokud ji tato běžná vyšetření neodhalí.

A. Ano

B. Ne

Vysvětlení: Studijní materiály uvádějí, že NGS má význam v prenatální diagnostice, pokud je u plodu zjištěna závažná vývojová vada a běžné cytogenetické vyšetření neodhalí příčinu. To je v rozporu s tvrzením, že se NGS používá primárně k ověření varianty již zjištěné běžným vyšetřením.

Otázka 5: Které z následujících tvrzení správně popisuje jeden z kroků sekvenování na platformě Illumina?

A. Genomová DNA je fragmentována a na její konce se připojí adaptéry umožňující navázání na průtokovou komůrku.

B. Fragmenty DNA se klonálně namnoží metodou bridge amplification a vytvoří lokální shluky identických kopií zvané clustery.

C. Do flow cell se postupně přidávají fluorescenčně značené reverzibilně terminující nukleotidy, přičemž po každém cyklu kamera zaznamená signál každého clusteru.

D. Primárním krokem je kapilární elektroforéza, která odděluje fragmenty podle jejich délky a fluorescence.

Vysvětlení: Prvním krokem je příprava knihovny, kdy se DNA fragmentuje a připojí adaptéry. Druhým krokem je navázání fragmentů na flow cell a klonální namnožení metodou bridge amplification do clusterů. Třetím krokem je samotné sekvenování syntézou, kdy se postupně přidávají fluorescenčně značené reverzibilně terminující nukleotidy a zaznamenává se signál. Kapilární elektroforéza je principem Sangerova sekvenování, nikoli platformy Illumina.