Sekvenování DNA: Metody, principy a klinické aplikace
Klepni pro otočení · Swipni pro navigaci
27 kartiček
Otázka: Co znamená zkratka NGS a jaké jiné české označení se pro ni používá?
Odpověď: NGS znamená next-generation sequencing (sekvenování druhé generace) a v češtině se často používá označení masivně paralelní sekvenování.
Otázka: V čem je hlavní rozdíl mezi NGS a Sangerovým sekvenováním?
Odpověď: NGS současně analyzuje obrovské množství fragmentů DNA paralelně, zatímco Sanger čte jednu oblast po druhé.
Otázka: Proč NGS zvýšilo diagnostickou výtěžnost v lékařské genetice?
Odpověď: Protože mnohá onemocnění jsou geneticky heterogenní — podobný klinický obraz může způsobit mutace v mnoha různých genech, které lze NGS najednou prohl
Otázka: Uveďte příklady onemocnění, kde je NGS typicky užitečné.
Odpověď: Epileptické encefalopatie, kardiomyopatie, hereditární poruchy sluchu, neuromuskulární onemocnění a syndromové vývojové vady.
Otázka: Jaké hlavní typy NGS vyšetření rozlišujeme podle rozsahu zkoumané DNA?
Odpověď: Cílený genový panel, exomové sekvenování a genomové sekvenování.
Otázka: Co je cílený genový panel a jaké jsou jeho výhody a nevýhody?
Odpověď: Je to analýza předem vybraného souboru genů spojených s určitou skupinou chorob. Výhody: vysoké pokrytí, nižší cena, jednodušší interpretace. Nevýhoda
Otázka: Co se zkoumá při exomovém sekvenování a kdy je vhodné jej použít?
Odpověď: Exomové sekvenování se zaměřuje na všechny kódující oblasti (exony). Je vhodné u pacientů s nejasným nebo širokým fenotypem, protože exony obsahují mn
Otázka: Co zahrnuje genomové sekvenování a jaké jsou jeho výhody a nevýzdy?
Odpověď: Genomové sekvenování analyzuje celý genom včetně nekódujících oblastí, intronů, regulačních sekvencí a mitochondriální DNA. Výhodou je širší záchyt va
Otázka: Jaký princip sekvenování používá nejrozšířenější platforma Illumina?
Odpověď: Illumina používá princip sequencing by synthesis (sekvenování syntézou), kde se sleduje zabudovávání fluorescenčně označených a reverzibilně terminova
Otázka: Proč jsou nukleotidy na platformě Illumina označeny a blokovány?
Odpověď: Každý nukleotid je fluorescenčně označen a má dočasně blokovanou 3'-OH skupinu, aby v jednom cyklu mohl být zabudován právě jeden nukleotid a jeho báz