Test z Interpretacja danych genomicznych w medycynie

Pytanie 1: Projekt Poznania Ludzkiego Genomu stworzył doskonały genom referencyjny jednej osoby, który po zakończeniu projektu nie jest już aktualizowany.

A. Ano

B. Ne

Wyjaśnienie: Projekt Poznania Ludzkiego Genomu nie stworzył doskonałego genomu jednej osoby. Genom referencyjny to złożony model, stworzony z DNA wielu dawców i jest stopniowo aktualizowany.

Pytanie 2: Które z poniższych stwierdzeń poprawnie opisują podstawowe typy wariantów genetycznych?

A. Warianty pojedynczego nukleotydu (SNV) są zawsze synonimiczne, co oznacza, że nie powodują zmiany aminokwasu.

B. Wariant przesunięcia ramki odczytu (frameshift) to typ indelu, który powstaje, gdy liczba wstawionych lub utraconych nukleotydów nie jest podzielna przez trzy i często prowadzi do znaczącej zmiany białka.

C. Warianty splicingowe zazwyczaj wpływają na splicing pre-mRNA i mogą powodować pominięcie eksonu lub włączenie części intronu.

D. Zmiany liczby kopii (CNV) dotyczą tylko jednej zasady DNA, podczas gdy warianty strukturalne wpływają na małe insercje i delecje.

Wyjaśnienie: Warianty pojedynczego nukleotydu (SNV) mogą być synonimiczne, missense lub nonsense, więc stwierdzenie, że są zawsze synonimiczne, jest nieprawidłowe. Wariant przesunięcia ramki odczytu (frameshift) rzeczywiście powstaje, gdy liczba wstawionych lub utraconych nukleotydów w indelach nie jest podzielna przez trzy i często prowadzi do znaczącej zmiany białka. Warianty splicingowe wpływają na splicing pre-mRNA, a ich konsekwencją może być pominięcie eksonu lub włączenie części intronu. Zmiany liczby kopii (CNV) obejmują delecje lub duplikacje całych eksonów czy genów, a nie tylko jednej zasady, a warianty strukturalne to jeszcze większe zmiany, takie jak translokacje czy inwersje, a nie małe insercje i delecje.

Pytanie 3: Po wyrównaniu odczytów sekwencjonowania do genomu referencyjnego przeprowadza się wyszukiwanie wariantów, po którym następuje adnotacja, podczas której do wariantów dodawane są informacje takie jak typ zmiany i częstość w populacji.

A. Ano

B. Ne

Wyjaśnienie: Podstawowa procedura bioinformatyczna obejmuje wyrównanie odczytów (reads) do genomu referencyjnego, następnie wywołanie wariantów (variant calling) (wyszukiwanie miejsc, gdzie sekwencja pacjenta różni się od referencyjnej), a następnie adnotację wariantów. Adnotacja oznacza uzupełnienie informacji o genie, transkrypcie, typie zmiany, częstości w populacji, znanym znaczeniu klinicznym, przewidywanym wpływie na białko oraz występowaniu w bazach danych.

Pytanie 4: Sama baza danych ClinVar dostarcza ostatecznej interpretacji wariantów, która nie wymaga łączenia z innymi źródłami informacji.

A. Ano

B. Ne

Wyjaśnienie: Materiały StudyFi jasno wskazują, że żadna baza danych sama w sobie nie jest ostateczna, a prawidłowa interpretacja zawsze łączy wiele źródeł.

Pytanie 5: Które typy wariantów są zazwyczaj odrzucane podczas fazy filtrowania po sekwencjonowaniu eksomu?

A. Częste warianty łagodne

B. Zmiany synonimiczne bez oczekiwanego wpływu

C. Rzadkie warianty o silnym znaczeniu klinicznym

D. Warianty poza genami związanymi z fenotypem

Wyjaśnienie: Po adnotacji wariantów następuje faza filtrowania. W przypadku sekwencjonowania eksomu lub genomu zazwyczaj odrzuca się częste warianty łagodne, zmiany synonimiczne bez oczekiwanego wpływu, wyniki niskiej jakości oraz warianty poza genami związanymi z fenotypem. Natomiast rzadkie warianty o silnym znaczeniu klinicznym są poszukiwane, a nie odrzucane.