Test na Interpretace genomických dat v medicíně

Otázka 1: Human Genome Project vytvořil dokonalý referenční genom jednoho člověka, který se již po dokončení projektu dále neaktualizuje.

A. Ano

B. Ne

Vysvětlení: Human Genome Project nevytvořil dokonalý genom jednoho člověka. Referenční genom je složený model vytvořený z DNA více dárců a postupně se aktualizuje.

Otázka 2: Které z následujících tvrzení správně popisují základní typy genetických variant?

A. Jednonukleotidové varianty (SNV) jsou vždy synonymní, což znamená, že nezpůsobují změnu aminokyseliny.

B. Frameshift varianta je typ indelu, který vzniká, pokud počet vložených nebo ztracených nukleotidů není dělitelný třemi a často vede k výrazné změně proteinu.

C. Sestřihové varianty typicky ovlivňují splicing pre-mRNA a mohou způsobit vynechání exonu nebo zařazení části intronu.

D. Změny počtu kopií (CNV) se týkají pouze jedné báze DNA, zatímco strukturální varianty ovlivňují malé inzerce a delece.

Vysvětlení: Jednonukleotidové varianty (SNV) mohou být synonymní, missense nebo nonsense, takže tvrzení, že jsou vždy synonymní, je nesprávné. Frameshift varianta skutečně vzniká, pokud počet vložených nebo ztracených nukleotidů u indelů není dělitelný třemi, a často vede k výrazné změně proteinu. Sestřihové varianty ovlivňují splicing pre-mRNA a jejich důsledkem může být vynechání exonu nebo zařazení části intronu. Změny počtu kopií (CNV) zahrnují delece nebo duplikace celých exonů či genů, nikoli pouze jedné báze, a strukturální varianty jsou ještě větší změny jako translokace nebo inverze, nikoli malé inzerce a delece.

Otázka 3: Po zarovnání sekvenačních čtení na referenční genom se provádí vyhledání variant, po kterém následuje anotace, kdy se k variantám doplňují informace jako typ změny a frekvence v populaci.

A. Ano

B. Ne

Vysvětlení: Základní bioinformatický postup zahrnuje zarovnání reads na referenční genom, poté variant calling (vyhledání míst, kde se sekvence pacienta liší od reference) a následně anotaci variant. Anotace znamená doplnění informací o genu, transkriptu, typu změny, frekvenci v populaci, známém klinickém významu, předpokládaném dopadu na protein a výskytu v databázích.

Otázka 4: Samotná databáze ClinVar poskytuje definitivní interpretaci variant, která nevyžaduje kombinaci s dalšími zdroji informací.

A. Ano

B. Ne

Vysvětlení: Studijní materiály jasně uvádějí, že žádná databáze není sama o sobě definitivní a správná interpretace vždy kombinuje více zdrojů.

Otázka 5: Které typy variant se obvykle vyřazují během fáze filtrování po exomovém sekvenování?

A. Časté benigní varianty

B. Synonymní změny bez očekávaného dopadu

C. Vzácné varianty se silným klinickým významem

D. Varianty mimo geny spojené s fenotypem

Vysvětlení: Po anotaci variant se provádí filtrování. U exomového nebo genomového sekvenování se obvykle vyřazují časté benigní varianty, synonymní změny bez očekávaného dopadu, nekvalitní nálezy a varianty mimo geny spojené s fenotypem. Vzácné varianty se silným klinickým významem se naopak hledají a nevyřazují.